第9話
茨城県 / 稲敷市
大日苑（旧植竹庄兵衛邸）
第9話、山城鉄道グループ会長・善之助の屋敷「山城家」として登場。華麗なる一族の悲劇が描かれる回で、深山が敗北の危機に直面する舞台になる。
松本潤
深山大翔
香川照之
佐田篤弘
榮倉奈々
立花彩乃
青木崇高
丸川貴久
片桐仁
明石達也
マギー
藤野宏樹
渡辺真起子
戸川奈津子
馬場徹
落合陽平
映美くらら
佐田由紀子
池田貴史
坂東健太
岸井ゆきの
加奈子
藤本隆宏
志賀誠
奥田瑛二
大友修一
岸部一徳
斑目春彦
首藤康之
深山大介
茨城県 / 稲敷市
第9話、山城鉄道グループ会長・善之助の屋敷「山城家」として登場。華麗なる一族の悲劇が描かれる回で、深山が敗北の危機に直面する舞台になる。
東京都 / 港区
第10話（最終話）、深山大翔(松本潤)が、冤罪で逮捕された刑事・石川の事件の真犯人である都知事・高山と対峙する医療セミナー会場。高山が起こした一連の事件の真相を突き止め、直接対決を仕掛ける最終決戦に向けた重要な場面の舞台となった。東京都港区のホテルインターコンチネンタル東京ベイがロケ地として使用された。
東京都 / 清瀬市
最終話(第10話)、深山大翔(松本潤)が事件の関係者に話を聞くために訪れる病院として使われた国立病院機構東京病院。第1話では、運送会社社長・赤木が殺人罪で起訴された事件で、立花彩乃(榮倉奈々)が赤木の息子と話す中庭のシーンにも使われ、シリーズを通じて病院ロケの拠点になった。
東京都 / 板橋区
最終話、2人目の被害者が殺害された「巨千大橋」として登場。宿敵との最終決戦で、連続事件の現場としてチーム斑目が真相に迫る重要ロケ。
東京都 / 板橋区
SEASON I最終話（第10話）、女性への連続殺人容疑で逮捕された石川陽一（中丸雄一）の無実を証明しようとする深山大翔（松本潤）たちの捜査で、作中1件目の事件現場となった「目黒区の公園」として登場するロケ地。板橋区舟渡の新河岸川沿いに広がる親水公園で、隣接する舟渡大橋とともに刑事ドラマで頻繁に使われる定番スポットとして知られ、最終決戦へ向かう捜査の起点となった。
神奈川県 / 横浜市都筑区
最終話、連続殺人事件で無実の罪に問われた石川洋一が写っていたとされる防犯カメラ映像の「調布中央駅」として使われたモザイクモール港北。深山たちが石川の冤罪を晴らすため、映像に残る時刻のずれなど細部を洗い出していく検証の手がかりとなる商業施設。
神奈川県 / 横浜市都筑区
最終話、後に連続殺人事件の真犯人として逮捕される高山浩介が、都知事選の候補者として街頭演説を行っていた横浜市都筑区の駅前。表向きは清和総合病院の院長という顔を持つ人物の、選挙戦さなかの姿が映し出される場面。
東京都 / 千代田区
受付・会議室・所長室など、事務所内部のシーン。2016年撮影当時はガリバーインターナショナル丸の内本社で、刑事専門ルームの打ち合わせが積み重なる場所。
東京都 / 港区
深山大翔（松本潤）や佐田篤弘（香川照之）が所属する斑目法律事務所の外観として、SEASON I・SEASON IIを通じてオープニングや出社シーンなど毎話のように登場する固定ロケ地。港区芝にあるオフィスビル「三田ベルジュビル」で、JR山手線田町駅から程近く、シリーズの日常描写を支える顔として使われ続けた。
東京都 / 八王子市
創価大学の構内が、裁判所のロビー・廊下・階段など複数の内景として繰り返し使われた。佐田篤弘(香川照之)が丸川貴久(青木崇高)に調査報告書を手渡す階段のシーンなど、法廷ドラマ「99.9」の司法の舞台を支える定番ロケ地となっている。
東京都 / 中野区
深山が居候する小料理屋「いとこんち」がある路地。坂東の店の外観として登場し、深山の日常と息抜きが積み重なる聖地巡礼の定番スポット。