第4話
東京都 / 中央区
日本橋小伝馬町のビル間路地
第4話「永遠に証明できない無実!!逆転の一手は」、太陽光発電の研究者・菊池が強制わいせつ容疑で逮捕される回。実はバーで何者かに薬物を盛られていたことが後に判明する菊池が、記憶が曖昧なまま目を覚ますビルの間の路地として使われた、日本橋小伝馬町のロケ地。
松本潤
深山大翔
香川照之
佐田篤弘
榮倉奈々
立花彩乃
青木崇高
丸川貴久
片桐仁
明石達也
マギー
藤野宏樹
渡辺真起子
戸川奈津子
馬場徹
落合陽平
映美くらら
佐田由紀子
池田貴史
坂東健太
岸井ゆきの
加奈子
藤本隆宏
志賀誠
奥田瑛二
大友修一
岸部一徳
斑目春彦
首藤康之
深山大介
東京都 / 中央区
第4話「永遠に証明できない無実!!逆転の一手は」、太陽光発電の研究者・菊池が強制わいせつ容疑で逮捕される回。実はバーで何者かに薬物を盛られていたことが後に判明する菊池が、記憶が曖昧なまま目を覚ますビルの間の路地として使われた、日本橋小伝馬町のロケ地。
東京都 / 中央区
第4話、菊池章雄が井原宏子と飲んでいたバー「KARON」の入口があるビル。光学科学シンポジウム後の飲み会へつながる導入の場所。
神奈川県 / 横浜市都筑区
SEASON I第4話、研究者・菊池章雄（板尾創路）と元同僚・井原宏子（ハマカワフミエ）が再会する光学科学シンポジウムの会場として登場。この再会をきっかけに起きた強制わいせつ事件を巡り、菊池の無実を追う深山大翔（松本潤）たちの捜査が動き出す起点となるロケ地で、横浜市都筑区の旧オンワード総合研究所（人材開発センター）で撮影された。
東京都 / 世田谷区
第5話、深山と斑目がラグビーを見ながら話すグラウンド。佐田の過去と二つの事件がつながる前編で、所長と深山の方針が交錯する場面。
東京都 / 江東区
「99.9 -刑事専門弁護士-」第5話、谷繁直樹と三枝尚彦が殴り合う場面のロケ地となった運送会社「大矢運送」(江東区新木場)。事件の背景にある人間関係のもつれが表面化し、衝突に発展する緊迫したシーンとして描かれる。
東京都 / 新宿区
第5話、司法試験合格発表の会場として使われた教会。佐田の過去と繋がる二つの事件の前編で、合格発表の記憶が物語の鍵になる象徴的な場所。
東京都 / 大田区
第5話、深山大翔(松本潤)と立花彩乃(榮倉奈々)が、暴行事件の被害者である理白冷蔵社長・三枝尚彦(平田満)に会うため訪れる冷蔵倉庫の外観ロケ。実在する東京冷凍株式会社の京浜島冷蔵物流センターが使用され、18年前の食品会社買収に端を発する因縁が明らかになっていく捜査の舞台となった。
茨城県 / 小美玉市
第5話、佐田篤弘(香川照之)と妻・由紀子(映美くらら)が、一時帰国する娘・かすみ(畑芽育)を出迎える空港ロビーのシーンで使用。一家でモナコへ旅行する計画が語られる場面で、法律事務所の所長という顔とは違う、家族思いの父としての佐田の一面が印象づけられる。
埼玉県 / 川口市
第6話、深山たちがバイクの再現試験を行うドラッグストア前。18年前の映像と現状を突き合わせ、崩せない証言に切り込む検証シーン。
東京都 / 杉並区
第6話、深山と明石が橋を通るバイクを見つめる「南星橋」のロケ地。18年前の冤罪事件につながるオートバイ映像の検証の導入になる。
神奈川県 / 横浜市青葉区
第6話、18年前の冤罪事件で犯人とされた真島博之の母を、当時の検事だった佐田篤弘(香川照之)が訪ね謝罪する団地。殺人犯の母として18年間生きてきた母親は、息子の無実を晴らすためだけに生きてきたと語り、事件の真相解明が母子の運命を動かす重要な場面の舞台となった。神奈川県横浜市青葉区の千草台団地3号棟がロケ地として使用された。
神奈川県 / 横浜市戸塚区
第6話、深山・佐田・立花が板橋卓二に話を聞きに行く高台の公園。18年前の冤罪事件の調査で、崩せない証言に対する切り札が動く場面の舞台。
東京都 / 港区
第7話、おもちゃ会社「オロゴンホビー社」が入るビル。河村家殺人事件を巡る完全犯罪との対決で、凶器に潜むワナを解くための主舞台になる。
東京都 / 千代田区
第7話、女性（夏菜）が霞が関の裁判所西側で深山の後ろ姿を見つめる場面。完全犯罪との対決が進む中、深山を追う視線が印象づけられる。
埼玉県 / 行田市
第8話回想、深山の父・大介(首藤康之)が25年前の雨の日、知り合いの女子高生を車で自宅近くまで送ったコンビニ。翌日その少女が遺体で発見され、最後に接触した大介が疑われ、駅の防犯映像と現場の傘を決定的証拠に実刑判決を受け、控訴中に死亡した冤罪事件の起点となるロケ地。武州荒木駅と対になる重要な場面である。
埼玉県 / 行田市
第8話、深山の父・大介が25年前に女子高生を車に乗せた駅として回想に登場。深山逮捕と衝撃の過去が明かされる回で、冤罪の起点となる風景。
東京都 / 品川区
第8話、佐田篤弘(香川照之)と立花彩乃(榮倉奈々)が岩下という人物のもとを訪ね、証人になってもらうよう依頼する回で使われたオフィスのロケ地。深山大翔(松本潤)らが手がける事件の核心に迫る訪問の前段として描かれる(岩下役の俳優や詳細な撮影背景は確認できず)。
東京都 / 豊島区
第8話、深山大翔(松本潤)の逮捕をめぐる真相を探るため、明石達也(片桐仁)と藤野宏樹(マギー)が、深山が過去に弁護した岩下亜沙子(夏菜)とその交際相手・黒川の行動を尾行する場面に登場する地下道。東京都豊島区北大塚の空蝉橋通り地下道が、市街地の暗がりでの尾行シーンのロケ地として使用された。
東京都 / 豊島区
第8話、立花彩乃(榮倉奈々)と明石達也(片桐仁)が黒川の様子をうかがいながら張り込みを続けた都電荒川線の線路沿い(北大塚)。都電が行き交う下町の路地を舞台に、監視を続ける緊張感と息苦しさが伝わるロケ地として使われた。
東京都 / 多摩市
第9話「深山、敗北!?華麗なる一族の悲劇」で使用された葬儀会場のロケ地。同話では山城鉄道の会長が急死し、家族全員の証言が奇妙に一致する不可解な事件を深山大翔(松本潤)たちが追う。多摩市にある実在の葬儀式場が、一族の悲劇を象徴する厳粛な会場として選ばれた。