第4話
東京都 / 中央区
日本橋小伝馬町のビル間路地
第4話「永遠に証明できない無実!!逆転の一手は」、太陽光発電の研究者・菊池が強制わいせつ容疑で逮捕される回。実はバーで何者かに薬物を盛られていたことが後に判明する菊池が、記憶が曖昧なまま目を覚ますビルの間の路地として使われた、日本橋小伝馬町のロケ地。
松本潤
深山大翔
香川照之
佐田篤弘
榮倉奈々
立花彩乃
青木崇高
丸川貴久
片桐仁
明石達也
マギー
藤野宏樹
渡辺真起子
戸川奈津子
馬場徹
落合陽平
映美くらら
佐田由紀子
池田貴史
坂東健太
岸井ゆきの
加奈子
藤本隆宏
志賀誠
奥田瑛二
大友修一
岸部一徳
斑目春彦
首藤康之
深山大介
東京都 / 中央区
第4話「永遠に証明できない無実!!逆転の一手は」、太陽光発電の研究者・菊池が強制わいせつ容疑で逮捕される回。実はバーで何者かに薬物を盛られていたことが後に判明する菊池が、記憶が曖昧なまま目を覚ますビルの間の路地として使われた、日本橋小伝馬町のロケ地。
東京都 / 中央区
第4話、太陽光発電の分野で世界的な発明家である菊池章雄(板尾創路)が、元同僚の井原宏子(ハマカワフミエ)と飲んでいたバー「KARON」の入口があるビル。光学科学シンポジウム後の飲み会へとつながる導入の場面で使われ、菊池がわいせつ容疑をかけられる事件の発端となる。
神奈川県 / 横浜市都筑区
SEASON I第4話、研究者・菊池章雄（板尾創路）と元同僚・井原宏子（ハマカワフミエ）が再会する光学科学シンポジウムの会場として登場。この再会をきっかけに起きた強制わいせつ事件を巡り、菊池の無実を追う深山大翔（松本潤）たちの捜査が動き出す起点となるロケ地で、横浜市都筑区の旧オンワード総合研究所（人材開発センター）で撮影された。
東京都 / 世田谷区
第5話、深山(松本潤)と斑目(岸部一徳)がラグビーの練習を見ながら話す、世田谷区の「リコー砧グラウンド」。佐田(香川照之)の過去と二つの事件がつながっていく前編で、所長である斑目と深山それぞれの弁護方針が交錯する場面として使われた。
東京都 / 江東区
「99.9 -刑事専門弁護士-」第5話、谷繁直樹と三枝尚彦が殴り合う場面のロケ地となった運送会社「大矢運送」(江東区新木場)。事件の背景にある人間関係のもつれが表面化し、衝突に発展する緊迫したシーンとして描かれる。
東京都 / 新宿区
第5話に登場する早稲田教会(東京都新宿区)。この回は佐田篤弘(香川照之)の過去と繋がる二つの事件を描く前編にあたり、教会がロケ地として使われた。
東京都 / 大田区
第5話、深山大翔(松本潤)と立花彩乃(榮倉奈々)が、暴行事件の被害者である理白冷蔵社長・三枝尚彦(平田満)に会うため訪れる冷蔵倉庫の外観ロケ。実在する東京冷凍株式会社の京浜島冷蔵物流センターが使用され、18年前の食品会社買収に端を発する因縁が明らかになっていく捜査の舞台となった。
茨城県 / 小美玉市
第5話、佐田篤弘(香川照之)と妻・由紀子(映美くらら)が、一時帰国する娘・かすみ(畑芽育)を出迎える空港ロビーのシーンで使用。一家でモナコへ旅行する計画が語られる場面で、法律事務所の所長という顔とは違う、家族思いの父としての佐田の一面が印象づけられる。
埼玉県 / 川口市
第6話、深山大翔(松本潤)と明石達也(片桐仁)が、18年前に起きた谷繁利明変死事件の再捜査で、容疑者・三枝尚彦(平田満)のアリバイの根拠となった目撃証言を検証するため、バイクの走行を再現する場面に使われたドラッグストア。埼玉県川口市の実在店舗前で、18年前の映像と現在の景色を突き合わせ、崩せないはずの証言に切り込んでいく。
東京都 / 杉並区
第6話、深山大翔(松本潤)と明石達也(片桐仁)が、劇中で「南星橋」として登場するこの橋を訪れ、18年前に容疑者・三枝尚彦(平田満)がバイクで通行する人物を目撃したとするアリバイ証言の真偽を検証する。実際にその場所から目撃が可能だったかを確かめる捜査の起点となり、18年前の事件の真相解明につながる重要な場面となった。
神奈川県 / 横浜市青葉区
第6話、18年前の冤罪事件で犯人とされた真島博之の母を、当時の検事だった佐田篤弘(香川照之)が訪ね謝罪する団地。殺人犯の母として18年間生きてきた母親は、息子の無実を晴らすためだけに生きてきたと語り、事件の真相解明が母子の運命を動かす重要な場面の舞台となった。神奈川県横浜市青葉区の千草台団地3号棟がロケ地として使用された。
神奈川県 / 横浜市戸塚区
第6話、深山大翔(松本潤)・佐田篤弘(香川照之)・立花彩乃(榮倉奈々)が板橋卓二に話を聞きに行く高台の公園。18年前の冤罪事件を調べる中の一場面で、横浜市戸塚区の秋葉台公園でロケが行われた。
東京都 / 港区
第7話に登場する品川イーストワンタワー(東京都港区)。おもちゃ会社「オロゴンホビー社」が入るビルとして使われた。河村家殺人事件を巡る事件の主舞台で、高層のオフィスビルが企業の舞台として選ばれている。
東京都 / 千代田区
第7話、女性（夏菜）が霞が関にある東京高等・東京地方・東京簡易裁判所合同庁舎の西側で、深山大翔（松本潤）の後ろ姿をじっと見つめる場面が撮影された。完全犯罪者との対決が進む終盤に挟まれる、深山を追う視線の意味深さが印象づけられるワンシーンである。
埼玉県 / 行田市
第8話回想、深山の父・大介(首藤康之)が25年前の雨の日、知り合いの女子高生を車で自宅近くまで送ったコンビニ。翌日その少女が遺体で発見され、最後に接触した大介が疑われ、駅の防犯映像と現場の傘を決定的証拠に実刑判決を受け、控訴中に死亡した冤罪事件の起点となるロケ地。武州荒木駅と対になる重要な場面である。
埼玉県 / 行田市
第8話、深山大翔(松本潤)の父・大介が25年前に女子高生を車に乗せた駅として回想に登場する、秩父鉄道の武州荒木駅。深山の逮捕と過去が明かされる回の回想場面のロケ地で、埼玉県行田市にある駅。
東京都 / 品川区
第8話、佐田篤弘(香川照之)と立花彩乃(榮倉奈々)が岩下という人物のもとを訪ね、証人になってもらうよう依頼する回で使われたオフィスのロケ地。深山大翔(松本潤)らが手がける事件の核心に迫る訪問の前段として描かれる(岩下役の俳優や詳細な撮影背景は確認できず)。
東京都 / 豊島区
第8話、深山大翔(松本潤)の逮捕をめぐる真相を探るため、明石達也(片桐仁)と藤野宏樹(マギー)が、深山が過去に弁護した岩下亜沙子(夏菜)とその交際相手・黒川の行動を尾行する場面に登場する地下道。東京都豊島区北大塚の空蝉橋通り地下道が、市街地の暗がりでの尾行シーンのロケ地として使用された。
東京都 / 豊島区
第8話、立花彩乃(榮倉奈々)と明石達也(片桐仁)が黒川の様子をうかがいながら張り込みを続けた都電荒川線の線路沿い(北大塚)。都電が行き交う下町の路地を舞台に、監視を続ける緊張感と息苦しさが伝わるロケ地として使われた。
東京都 / 多摩市
第9話「深山、敗北!?華麗なる一族の悲劇」で使用された葬儀会場のロケ地。同話では山城鉄道の会長が急死し、家族全員の証言が奇妙に一致する不可解な事件を深山大翔(松本潤)たちが追う。多摩市にある実在の葬儀式場が、一族の悲劇を象徴する厳粛な会場として選ばれた。