第8話
東京都 / 清瀬市
大林組技術研究所（UDIラボ）
第8話、死因鑑定のため伊吹藍(綾野剛)と志摩一未(星野源)が訪れる不自然死究明研究所(UDIラボ)の外観として使われた大林組技術研究所。ドラマ『アンナチュラル』と同じ研究所の外観で、内部は立入不可。
綾野剛
伊吹藍
星野源
志摩一未
麻生久美子
桔梗ゆづる
岡田健史
九重世人
橋本じゅん
陣馬耕平
金井勇太
糸巻貴志
生瀬勝久
我孫子豆治
渡邊圭祐
特派員REC
菅田将暉
久住
黒川智花
羽野麦
鈴鹿央士
成川岳
番家天嵩
桔梗ゆたか
松下洸平
加々見崇
小日向文世
蒲郡
村上虹郎
香坂
東京都 / 清瀬市
第8話、死因鑑定のため伊吹藍(綾野剛)と志摩一未(星野源)が訪れる不自然死究明研究所(UDIラボ)の外観として使われた大林組技術研究所。ドラマ『アンナチュラル』と同じ研究所の外観で、内部は立入不可。
東京都 / 千代田区
第8話、成川岳(鈴鹿央士)が羽野麦(黒川智花)の写真を目にする事務所が入る千代田区のビル。同じ建物は第9話で闇金融事務所の入る「上窪ビル」としても登場し、一棟のビルが別エピソードで異なる設定に使い回された例として知られるロケ地。
千葉県 / 長柄町
第9話「或る一人の死」で、捜査車両にドローンが激突して爆発・炎上する衝撃的な場面のロケ地として使われた千葉県長生郡長柄町の施設「ロングウッドステーション」。同話では羽野麦(黒川智花)と成川岳(鈴鹿央士)が井戸に閉じ込められる事件も並行して描かれ、第4機捜が救出に奔走した。
埼玉県 / 川越市
第9話で、羽野麦と成川岳が監禁された屋敷として使われた川越市の料亭山屋。井戸のある旧料亭の趣が残り、二人の危機と救出につながる重要な舞台となった。私有施設のため、見学は外観のみに留めるのが前提。
東京都 / 港区
第9話、成川岳(鈴鹿央士)がタツイグループの澤部に電話をかけ、羽野麦(黒川智花)を報奨金目当てに呼び出そうとする待ち合わせ場所として使われた虎ノ門のカフェ「GOOD MORNING CAFE & GRILL」。この後、麦が井戸に閉じ込められる事件へとつながる回の一場面。
東京都 / 江東区
MIU404第9話、九重世人(岡田健史)と陣馬耕平(橋本じゅん)が、家出中の成川岳(鈴鹿央士)の自宅という設定の部屋を訪れた場面のロケ地。江東区辰巳の撮影スタジオ「STUDIO ピア Pia34辰巳」が使われ、同スタジオは動画配信者・特派員REC(渡邊圭祐)のスタジオとしても兼用された。
東京都 / 江東区
第9話、成川岳(鈴鹿央士)が羽野麦(黒川智花)に人目を忍んでメッセージを送る江東区大島のコインランドリー呉竹。ありふれたコインランドリーの店内が二人だけの秘密の連絡手段として使われ、直後に発覚する監禁事件へとつながる不穏な伏線を描くロケ地。
東京都 / 港区
MIU404第9話「或る一人の死」、黒幕エトリ(水橋研二)による監禁から救出された羽野麦(黒川智花)を乗せ、伊吹藍(綾野剛)と志摩一未(星野源)の車が渡っていたレインボーブリッジ。麦を「必ず間に合わせる」という決意が描かれた同話クライマックスの場面で使用された。
東京都 / 新宿区
MIU404第9話「或る一人の死」、成川岳(鈴鹿央士)と澤部が、羽野麦(黒川智花)に懸賞金をかけた黒幕エトリ(水橋研二)と接触するために訪れた西新宿の高層オフィスビル。新宿駅南口から徒歩約15分の住友不動産新宿グランドタワーが、緊迫した対面シーンのロケ地として使われた。
東京都 / 台東区
第9話「或る一人の死」で、エトリとつながる辰井組の組事務所として使われた日本堤の大王製作所。エトリを後ろ盾として弱小暴力団だった辰井組が資金援助を受けて息を吹き返した設定で、窓から人が飛び降りる場面の舞台にもなった。
東京都 / 葛飾区
第10話、作中の北目黒病院として使われたイムス東京葛飾総合病院。久住が流した同時爆破テロのフェイク情報に釣られ、伊吹と志摩が久住追跡を中断して駆けつける外観ロケ（実在病院・立入・撮影不可）。
東京都 / 江戸川区
第10話、伊吹藍(綾野剛)が朝早く志摩一未(星野源)の到着を待っていた、春江町の児童遊園の北側。この回はエトリの死をきっかけに黒幕・久住(菅田将暉)の正体解明へ捜査が動き出す回で、慌ただしい捜査の合間に二人が落ち合う静かな場面のロケ地として使われた。
東京都 / 江東区
第10話、久住がネット上に「犯人が乗っている」と404号の画像を拡散し、有明一丁目交差点でメロンパン号が群衆に囲まれ撮影される場面。フェイクニュースが現実の街を巻き込む転換点。
東京都 / 港区
MIU404第10話、久住(菅田将暉)がスマートフォンのSIMカードを処分した後、逃げてきたアゲハチョウを追いかけようとして捕まえられなかった場面で使われた札の辻交差点の歩道橋。橋上からは東京タワーが望める撮影スポットとしても知られる。
東京都 / 千代田区
第7・9・10話に登場する東神田の東和エンジニアリング東京ショールーム。久住の拠点やドーナツEP関連のコワーキングとして使われ、第10話では伊吹藍(綾野剛)と志摩一未(星野源)が現場に踏み込む。
東京都 / 目黒区
第10話で、久住(菅田将暉)がアゲハチョウを捕まえようとして逃げられ、その後SIMカードを目黒川に捨てる場面に使われたなかめ公園橋。久住の人柄と犯行の痕跡が同時に描かれる、中目黒の橋。
東京都 / 台東区
第10話「Not found」で、父の意向により警察庁への異動を命じられた九重世人(岡田健史)を、陣馬耕平(橋本じゅん)が自分たちとは違う立場だからこそできることがあると励ます居酒屋の場面に使われた遠州屋本店高尾。4機捜のたまり場として第4話・第6話にも繰り返し登場する。
神奈川県 / 横浜市
第10話、作中のシェアオフィス「UFO」として使われた横浜・高島のPITCH CLUB。久住が特派員RECとドローン爆弾についてビデオ通話する拠点で、デリバリー経由で居場所が特定される。
神奈川県 / 川崎市川崎区
第10話「Not found」、SNSに頼らず地道な聞き込みで薬物製造工場を突き止めたベテラン刑事・陣馬耕平(橋本じゅん)が、工場から出てくるトラックを単身止めようとする東日印刷川崎工場前。九重・陣馬側の捜査が実際に走る私有施設の外観がそのままロケ地として使われている。
千葉県 / 浦安市
最終話、九重(岡田健史)がメロンパン号に乗って伊吹(星野源)と志摩(綾野剛)を迎えに来るラストシーンのロケ地。千葉県浦安市の浦安マリーナで撮影され、事件を乗り越えた三人の絆を印象づける場面として描かれた。