第3話
東京都 / 港区
田町K・Sビル
第3話、ジャーナリスト安田が殺害された事務所が入るビル。石川敦子がジョーカー茅ヶ崎が建物から出てくるのを目撃したと証言する、事件のキーロケ。
松本潤
深山大翔
香川照之
佐田篤弘
木村文乃
尾崎舞子
片桐仁
明石達也
マギー
藤野宏樹
馬場園梓
中塚美麗
馬場徹
落合陽平
映美くらら
佐田由紀子
池田貴史
坂東健太
岸井ゆきの
加奈子
佐藤勝利
尾崎雄太
笑福亭鶴瓶
川上憲一郎
岸部一徳
斑目春彦
渡辺真起子
戸川奈津子
藤本隆宏
志賀誠
首藤康之
深山大介
青木崇高
丸川貴久
奥田瑛二
大友修一
甲本雅裕
遠藤啓介
東京都 / 港区
第3話、ジャーナリスト安田が殺害された事務所が入るビル。石川敦子がジョーカー茅ヶ崎が建物から出てくるのを目撃したと証言する、事件のキーロケ。
埼玉県 / 川口市
第4話で使用された町工場のロケ地。ゲスト出演したドランクドラゴン・塚地武雅が、下請け企業「アダチ工業」の社長・足立靖男を演じ、裁判の行方を左右する重要な証言をする場面に登場した。
埼玉県 / 三郷市
「99.9-刑事専門弁護士-SEASON II」第4話のロケ地。埼玉県三郷市の株式会社不二パッキング製作所敷地内が、劇中の「タナハシ機械製作所」として使用された。同社専務の棚橋幸次郎がスパナで殴られ倒れていたとされる事件現場で、容疑者とされた岩村直樹の冤罪の可能性を深山たちが追う事件の起点となる場所である。
東京都 / 板橋区
第4話、岩村直樹が転落死したレンタル倉庫「くらもと倉庫」のロケ地。民事裁判で冤罪を晴らすための事件現場として、深山たちが状況証拠の矛盾を洗い出す舞台になる。
千葉県 / 八千代市
第5話、劇中で京王線多摩中央駅として使われた東葉高速鉄道 八千代中央駅。女子高生・工藤久美子への強制わいせつ事件で起訴された少年・山崎大平の裁判で、深山大翔(松本潤)たちがアリバイとなる焼肉店周辺の動線を検証する少年裁判事件のロケ地。
千葉県 / 八千代市
第5話「歪められた少年裁判 嘘つきは誰!?」、女子高生・工藤久美子(清原果耶)への強制わいせつ容疑で逮捕された少年・山崎大輝(市川理矩)の事件をめぐり、深山大翔(松本潤)たちが現場検証を行う公園の東屋周辺として使用された萱田第二緑地。少年裁判の真相解明に迫る重要な場面のロケ地。
埼玉県 / 朝霞市
SEASON II第5話、少年審判事件のアリバイと目撃証言を洗い直す深山大翔（松本潤）たちの聞き込み拠点となった駅。作中では東京・府中エリアの架空駅「西府中駅」として登場するが、実際の撮影地は埼玉県朝霞市の東武東上線朝霞駅で、地名を変えて撮影する同シリーズらしいロケ選定の一例となっている。
東京都 / 東久留米市
第5話、警察が設置した目撃情報看板の前で深山がだじゃれを言う商店街。少年裁判事件の聞き込みの合間に、深山らしい空気が一瞬走る場面として登場する。
東京都 / 千代田区
第5話「歪められた少年裁判 嘘つきは誰!?」、かつての同僚を救うため深山(松本潤)と舞子(木村文乃)が、判事と検察官が結託して犯行日時をすり替えた少年事件の不正に立ち向かう。外観カットで登場する最高裁判所は、司法の権威と深山たちの闘いを対比させる象徴的なロケーションになっている。
埼玉県 / 草加市
第6話。寿司店主が持ち込んだ、不動産会社社員殺害を巡る相談を深山(松本潤)と舞子(木村文乃)が調べるうち、舞子の弟で元判事の尾崎雄太(佐藤勝利)が容疑者として逮捕され、舞子に衝撃が走る。雄太は2年前にも窃盗罪で有罪判決を受けていた過去があった。草加市役所は警視庁立川南警察署の外観として使われ、深山と舞子が雄太の接見に訪れる場面に登場する。
東京都 / ８
第6話、舞子(尾崎舞子、木村文乃)が事件の鍵を握る大西達也に会いに行く店の前として使われた「DiA tokyo」。2016年に六本木で開業した大型クラブで、雄太をめぐる過去の事件の関係者を訪ねる聞き込みシーンの舞台となった(同店は現在閉店)。
東京都 / 江東区
「99.9 -刑事専門弁護士- SEASON II」第6話、尾崎雄太(佐藤勝利)が大西や坂本といた「クラブ」の外観として登場するディファ有明。かつて江東区有明にあった多目的ホールで、雄太をめぐる事件の関係者たちが集う夜のシーンのロケ地として使われた。
東京都 / 羽村市
第6話、城壇不動産近くのたばこ屋がある商店街として登場。ダンカン演じるたばこ店店主から深山と舞子が事件の情報を聞き出す、聞き込みの舞台。
東京都 / 調布市
第6話「絶対崩せない証言!!切り札は佐田の過去」の舞台となった団地。不動産会社社員殺害事件で弟が逮捕される中、犯行時刻に現場付近でキッチンカーが弁当を販売していたという目撃証言がアリバイ捜査の手がかりとなる。ロケ地は調布市染地にある公社多摩川住宅。
東京都 / １
第6話、深山大翔(松本潤)たちがパクチー弁当の移動販売車「パクチー弁当スミレ」を営む店主役のIZAMから話を聞く場面のロケ地。実践女子大学のキャンパスが日野市の市民センターに見立てられて撮影され、大学施設ならではの広々とした構内が生かされている。
東京都 / 港区
「99.9-刑事専門弁護士-SEASON II」第6話のロケ地。港区赤坂にある桜坂法律事務所が、劇中の「槇原法律事務所」として使用された。2年前に起きた尾崎雄太（佐藤勝利）の事件の資料を受け取るため、深山大翔（松本潤）と尾崎舞子（木村文乃）が訪れる場面が撮影された。
東京都 / 立川市
第6話、舞子の弟・尾崎雄太が働く寿司店「大酉寿司」のロケ地。姉弟の過去と殺人容疑が絡む事件の主舞台で、雄太の日常と疑いが交錯する場所。
東京都 / 八王子市
第6話、姉・舞子(木村文乃)と食べた寿司に感動し職人を志した雄太(佐藤勝利)が、実際に修業していた「沙々寿司本店」のロケ地となった八王子市の実在の寿司店「鮨忠本店」。2年前に窃盗容疑をかけられた事件の舞台としても描かれる。
東京都 / 港区
SEASON II第8話、尾崎舞子(木村文乃)と明石達也(片桐仁)が、選挙事務所に送られた毒入り羊羹で秘書が死亡し妻も重体となった事件の背景を探るため、藤堂議員の愛人でクラブのママを務める女性から話を聞いた六本木のクラブ。深山の初めての敗訴につながる複雑な事件の周辺証言を集める場面。
東京都 / 八王子市
第8話、元文部科学大臣・藤堂正彦の選挙事務所。送られてきた羊羹による毒殺事件の現場として、深山初の敗訴につながる事件の主舞台になる。